Les dimensions et la configuration du silo de stockage sont des choix essentiels. Les dimensions sont appréciées en fonction de la topographie du site, de l'autonomie voulue pour l'installation, ainsi que du mode de livraison. La configuration du silo (plain-pied, enterré, conteneur métallique) détermine le mode de livraison (par exemple par gravité ou soufflage). Le concepteur de la chaufferie cherchera à faciliter la livraison du combustible. Plus la durée de livraison est courte, plus les coûts sont optimisés.
Pour maximiser la durée de vie de l'installation, un contrat d'entretien ou de maintenance est nécessaire. Des obligations réglementaires d'entretien s'imposent. Pour les installations de puissance inférieure à 400 kW, l'entretien annuel est obligatoire. Pour les installations de plus de 400 kW, un contrôle de la performance énergétique, par un organisme accrédité, est obligatoire tous les deux ans.
La régulation intervient à trois niveaux :- régulation du taux de charge : pour un rendement satisfaisant, on recherchera un fonctionnement régulier, par un maintien constant de la température de départ (en limitant par exemple les démarrages/arrêts) ;- régulation de la combustion : la teneur en oxygène sur fumées humides doit être maintenue constante en ajustant le mélange air comburant/combustible ;- régulation du débit d'extraction des fumées : elle évite le retour des fumées dans la chaufferie en maintenant un tirage constant. La plupart des fabricants préconisent un ventilateur d'extraction à vitesse variable.
Le local chaufferie doit être construit en matériaux classés M0 du point de vue de la réaction au feu. Le degré de résistance au feu des murs et de la couverture dépend de la distance par rapport aux bâtiments alentour. À moins de 10 m, l'ouvrage devra être coupe-feu deux heures a minima. Au-delà de 10 m, aucun degré coupe-feu n'est imposé. S'il existe un accès à la chaufferie depuis l'intérieur d'un bâtiment, il doit comporter soit un sas fermé par deux portes pare-flammes de degré une demi-heure, soit une porte coupe-feu de degré une heure munie d'un ferme-porte.
Les cendres peuvent être issues de la combustion du bois (collectées sous foyer) ou de la filtration des fumées. Selon la taille de l'installation, ces cendres sont soit mélangées, soit valorisées séparément. Dans tous les cas, le décendrage automatique est fortement recommandé. Par ailleurs, la combustion du bois rejette des poussières nocives (NoX) qui doivent être filtrées. Pour les installations supérieures à 2 MW, la réglementation fixe les valeurs limites de rejet. Pour les puissances inférieures à 2 MW, il n'y a pas, pour l'instant, de cadrage réglementaire. Pour traiter les fumées de ces chaufferies, les trois solutions les plus utilisées sont : le filtre multi-cyclonique, le filtre à manche et l'électrofiltre.